Di samping tugas beliau sebagai da’i, pengajar, pembibing, dosen, penceramah dan segala bentuk kegiatan yang bermanfaat bagi agama, beliau pula seorang pujangga besar dan penulis unggul. Tidak kurang dari 100 buku yang telah beliau karang, semuanya beredar di seluruh dunia. Tidak sedikit dari kitab-kitab beliau yang beredar telah diterjemahkan kedalam bahasa Inggris, Prancis, Urdu, Indonesia dll.

Sayyid Muhammad merupakan seorang penulis prolifik dan telah menghasilkan hampir seratus buah kitab. Beliau telah menulis dalam pelbagai topik agama, undang-undang, social serta sejarah, dan kebanyakan bukunya dianggap sebagai rujukan utama dan perintis kepada topik yang dibicarakan dan dicadangkan sebagai buku teks di Institusi-institusi Islam di seluruh dunia. Kita sebutkan sebahagian hasilnya dalam pelbagai bidang:
Aqidah:
1. Mafahim Yajib an
Tusahhah
2. Manhaj As-salaf fi
Fahm An-Nusus
3. At-Tahzir min at-
Takfir
4. Huwa Allah
5. Qul Hazihi Sabeeli
6. Sharh ‘Aqidat al-‘Awam

Tafsir:
1. Zubdat al-Itqan fi ‘Ulum al-
Qur’an
2. Wa Huwa bi al-Ufuq al-‘A’la
3. Al-Qawa‘id al-Asasiyyah fi
‘Ulum al-Quran
4. Hawl Khasa’is al-Quran

Hadith:
1. Al-Manhal al-Latif fi Usul al-
Hadith al-Sharif
2. Al-Qawa‘id al-Asasiyyah fi
‘Ilm Mustalah al-Hadith
3. Fadl al-Muwatta wa Inayat
al-Ummah al-Islamiyyah
bihi
4. Anwar al-Masalik fi al-
Muqaranah bayn Riwayat
al-Muwatta lil-Imam Malik

Sirah:
1. Muhammad (Sallallahu
Alaihi Wasallam) al-Insan
al-Kamil
2. Tarikh al-Hawadith wa al-
Ahwal al-Nabawiyyah
3. ‘Urf al-Ta’rif bi al-Mawlid
al-Sharif
4. Al-Anwar al-Bahiyyah fi
Isra wa M ’iraj Khayr al-
Bariyyah
5. Al-Zakha’ir al-
Muhammadiyyah
6. Zikriyat wa Munasabat
7. Al-Bushra fi Manaqib al-
Sayyidah Khadijah al-Kubra

Usul:
1. Al-Qawa‘id al-Asasiyyah fi
Usul al-Fiqh
2. Sharh Manzumat al-
Waraqat fi Usul al-Fiqh
3. Mafhum al-Tatawwur wa
al-Tajdid fi al-Shari ‘ah al-
Islamiyyah

Fiqh:
1. Al-Risalah al-Islamiyyah
Kamaluha wa Khuluduha
wa ‘Alamiyyatuha
2. Labbayk Allahumma
Labbayk
3. Al-Ziyarah al-Nabawiyyah
bayn al-Shar ‘iyyah wa al-
Bid‘iyyah
4. Shifa’ al-Fu’ad bi Ziyarat
Khayr al-‘Ibad
5. Hawl al-Ihtifal bi Zikra al-
Mawlid al-Nabawi al-Sharif
6. Al-Madh al-Nabawi bayn al-
Ghuluww wa al-Ijhaf

Tasawwuf:
1. Shawariq al-Anwar min
Ad ‘iyat al-Sadah al-Akhyar
2. Abwab al-Faraj
3. Al-Mukhtar min Kalam al-
Akhyar
4. Al-Husun al-Mani‘ah
5. Mukhtasar Shawariq al-
Anwar

Lain-lain:
1. Fi Rihab al-Bayt al-Haram
(Sejarah Makkah)
2. Al-Mustashriqun Bayn al-
Insaf wa al- ‘Asabiyyah
(Kajian Berkaitan
Orientalis)
3. Nazrat al-Islam ila al-
Riyadah (Sukan dalam
Islam)
4. Al-Qudwah al-Hasanah fi
Manhaj al-Da ‘wah ila Allah
(Teknik Dawah)
5. Ma La ‘Aynun Ra’at
(Butiran Syurga)
6. Nizam al-Usrah fi al-Islam
(Peraturan Keluarga Islam)
7. Al-Muslimun Bayn al-Waqi‘
wa al-Tajribah (Muslimun,
Antara Realiti dan
Pengalaman)
8. Kashf al-Ghumma
(Ganjaran Membantu
Muslimin)
9. Al-Dawah al-Islahiyyah
(Dakwah Pembaharuan)
10. Fi Sabil al-Huda wa al-
Rashad (Koleksi Ucapan)
11. Sharaf al-Ummah al-
Islamiyyah (Kemulian
Ummah Islamiyyah)
12. Usul al-Tarbiyah al-
Nabawiyyah (Metodologi
Pendidikan Nabawi)
13. Nur al-Nibras fi Asanid al-
Jadd al-Sayyid Abbas
(Kumpulan Ijazah Datuk
beliau, As-Sayyid Abbas)
14. Al-‘Uqud al-Lu’luiyyah fi al-
Asanid al-Alawiyyah
(Kumpulan Ijazah Bapa
beliau, As-Sayyid Alawi)
15. Al-Tali‘ al-Sa‘id al-
Muntakhab min al-
Musalsalat wa al-Asanid
(Kumpulan Ijazah)
Al-‘Iqd al-Farid al-
Mukhtasar min al-Athbah
wa al-Asanid (Kumpulan
Ijazah)

Daftar buku di atas merupakan beberapa kitab As-Sayyid Muhammad yang telah dihasilkan dan diterbitkan. Terdapat banyak lagi kitab yang tidak disebutkan dan juga yang belum dicetak.Kita juga tidak menyebutkan banyak penghasilan turath yang telah dikaji, dan diterbitkan buat pertama kali, dengan nota kaki dan komentar dari As-Sayyid Muhammad. Secara keseluruhannya, sumbangan As-Sayyid Muhammad amat berguna. Banyak hasil kerja As-Sayyid Muhammad telah diterjemahkan ke pelbagai bahasa.

Mafahim Yujibu an-Tusahhah (Konsep-konsep yang perlu diluruskan) adalah salah satu kitab karya Sayyid Muhammad, red.) bersinar layaknya suatu kemilau mutiara. Inilah seorang manusia yang menantang rekan-rekan senegaranya, kaum Salafi-Wahhabi, dan membuktikan kesalahan doktrin-doktrin mereka wahabiyah dengan menggunakan sumber-sumber dalil mereka.

Untuk keberanian intelektualnya ini, Sayyid Muhammad dikucilkan oleh mereka wahabi dan dituduh sebagai “seorang yang sesat”. Beliau pun dicekal dari kedudukannya sebagai pengajar di Haram (yaitu di Masjidil Haram, Makkah, red.). Kitab-kitab karya beliau dilarang,bahkan kedudukan beliau sebagai professor di Umm ul-Qura pun dicabut. Beliau ditangkap dan passport-nya ditahan. Namun, dalam menghadapi semua hal tersebut, Sayyid Muhammad sama sekali tidak menunjukkan kepahitan dan keluh kesah. Beliau ta pernah menggunakan akal dan intelektualitasnya dalam amarah, melainkan menyalurkannya untuk memperkuat orang lain dengan ilmu (pengetahuan) dan tasawwuf. ***